男性不育常見病因有兩種――生殖構造影響射精能力和精子本身存在問題――后者更常見。男性生育研究相對要晚于女性方面，但是，現代醫學對男性生育的了解已日趨完善，尤其是精子的重要作用。
精子問題
精子是非常脆弱的細胞。它們耗時7周成熟，但在生長過程中極易受外界影響而發生變化。因此，不同時間提取的精子樣本，其質量和數量區別會很大。
睪丸功能障礙
導致睪丸功能障礙的病因較難預料，可能是染色體問題（如克氏綜合征，即患者體內有兩條或多條X染色體，而不是一條染色體），可能是睪丸先天懸吊、睪丸受到外創，甚或青春期腮腺炎而繼發睪丸炎。
常見的男性不孕不育癥的病因
解剖學因素
射精
約有1%的男性在性高潮時無射精，病因是逆行射精（“干性射精”），即精液被逆向射入膀胱，而不是向前進入陰莖。
陰襄
可能是睪丸鞘膜積液（具潤滑作用的液體過量積累在睪丸內）或精索靜脈曲張（陰囊和兩側睪丸靜脈脹大）。這兩種病因都會提升睪丸內溫度，從而阻礙精子生產。
輸精管堵塞
兩條輸精管（睪丸到精囊的通道；睪丸生產精子，精囊儲存精子）中的一條或兩條全部堵塞，精子難以或無法從睪丸中出來。輸精管堵塞也許是先天的，也許受后天感染（比如淋病）。
