羊肚菌的營養相當豐富，據測定每100克羊肚菌營養素含量：可食部分34%，水分74.2克，蛋白質21.5克，脂肪2.5克，糖0.7克，熱量111千卡，鈣11毫克，磷190毫克，鐵1.5毫克，胡蘿卜素0，硫胺素0.03毫克，核黃素0.09毫克，尼克酸8.0毫克，維生素C-，維生素A-，粗纖維0，灰分1.1克。

人體中的蛋白質是由20種氨基酸搭配而組成的，而羊肚菌就含有18種，其中8種氨基酸是人體不能制造的，故而在人體營養上顯得格外重要，所以被稱為“必需氨基酸”。而羊肚菌所含的必須氨基酸就占比到了7種。因此，有人認為是“十分好的蛋白質來源”，并有“素中之葷”的美稱。

此外羊肚菌至少含有8種維生素：維生素B1、維生素B2、維生素B12、煙酸、泛酸、吡噦醇、生物素、葉酸等。羊肚菌的營養成份，可與牛乳、肉和魚粉相當。因此，國際上常稱它為“健康食品”。

有資料表明，羊肚菌含有天然藥物成份“荷爾蒙”及大量的精氨酸成份，可促進男性的性欲提高。所含豐富的硒是人體紅細胞谷胱甘肽過氧化酶的組成成分，可運輸大量氧分子來抑制惡性腫瘤，使癌細胞失活；另方面能加強維生素E的抗氧化作用。

從羊肚菌中分離出一種血小板取集抑制物，它的IC50為22.9μg/ml。研究表明：這種血小板取集抑制的效力比阿司匹林強2.57倍。