冬瓜文蛤湯雖然鮮美可口并且營養豐富，但是食用時不注意也可能造成病從口入。首先，作為一種河鮮，易感染肺吸蟲和肝吸蟲，吃了未經煮熟的文蛤就可能會導致寄生蟲感染。所以食用文蛤時最好是徹底煮熟煮透，才能有效殺滅潛在細菌。腌制的食法是有一定風險的。

再者貝殼類的沙腸、排泄器官是不宜食用的，選購文蛤時最好是買鮮活的，置于清水中一段時間讓其吐沙，處理時也要除去它的沙腸等。判斷文蛤是死是活方法很簡單，拿起一只文蛤輕敲打其殼若為“砰砰”聲，則文蛤是死的；相反若為“咯咯”較清脆的聲音，則文蛤是活的。

中醫認為，蛤蜊肉性寒，味咸。在食用蛤蜊時忌于田螺、橙子、芹菜同食。再者雖然文蛤適合高膽固醇、高血脂體質、患有甲狀腺腫大、支氣管炎、胃病等疾病的人食用，但是有宿疾者應慎食，脾胃虛寒者不建議多吃。

冬瓜性寒涼，脾胃虛寒、易泄瀉、胃寒者慎食用過多的冬瓜。女性生理期間和患有寒性痛經的也忌食冬瓜。還有久病與陽虛肢冷者忌食。還有冬瓜不宜與鯽魚、醋搭配食用。