砂仁味辛、溫，歸脾、胃、腎三經。作為一種性溫和的中藥，它主要適用于滯食積，嘔吐泄瀉，飲食少進；或脾胃虛弱，冷滑下痢不禁；或妊娠嘔吐，胎動不安，先兆流產；或氣逆作咳，痰多喉癢，呼多吸少等癥狀，具有化濕開胃，溫脾止瀉，理氣安胎的功效。

砂仁全身都是寶，葉、花、根、莖均可入藥。功效有所相同，但又有所側重。葉、莖可提煉出植物油，暫命名為“砂仁葉油”，外用對唇周皰疹、皮膚濕疹、體癬有確實的效果，有較強的抗病毒，抗真菌作用。花對消化道的作用稍弱，但有較好的疏肝解郁、行氣寬胸功效，用于肝胃不和的胸脅苦滿，噯氣吞酸，經前乳脹、痛經。根部止痛止嘔效果不及砂仁，但其安胎功效則優于砂仁，用于妊娠胎動不安，先兆流產或習慣性流產。因為功效非常多樣且顯著，所以砂仁在藥用領域的應用十分地廣泛。