盆腔子宮內膜異位癥極易累及卵巢，異位的子宮內膜在卵巢組織中周期性出血使卵巢不斷增大而形成巧克力囊腫，此囊腫常為雙側性。卵巢巧克力囊腫的危害還是不小的，最嚴重的就是造成女性不孕。此外，卵巢巧克力囊腫可因多種因素而發生自發或在外力影響下的破裂，破裂可反復發生。

大的巧克力囊腫容易發生扭轉或破裂，會出現急腹癥，一旦破裂就會導致異位內膜擴散，種植到所到之處，病灶增多，癥狀就會加重。卵巢巧克力囊腫會讓患者出現尿頻、尿急、便秘等壓迫癥狀，大的囊腫壓迫膀胱和直腸所致，還有的患者會有經期發熱等情況發生，比較少見。卵巢巧克力囊腫破裂多發生于經前期及月經期，有明顯的下腹疼痛癥狀，嚴重者還可能會發生休克。所以，此病癥一定要及時治療，避免造成更嚴重的后果。