急性尿道炎治療的關鍵是及時性，不能諱疾忌醫，胡亂服用抗生素類藥物而不尊醫囑，極容易轉變為慢性尿道炎。患者應該大量飲水，使尿量增加，排尿時可沖洗尿道分泌物；注意休息，急性期短期內避免性生活。

急性尿道炎采用抗生素與化學藥物聯合應用，療效較好。近來氟哌酸與磺胺藥物聯合應用，臨床效果滿意。全身治療應注意休息，補充足夠液體。在急性期間，應避免性生活，否則會延長病程。同時可以服用多靶點作用的中藥提高自身免疫力。

如利尿消炎丸等中藥主要以清熱解毒，利濕通淋為主，輔以補腎固本，活血化瘀，扶正祛邪，提高機體免疫力為組方之法。中西藥結合有效治療急性尿道炎，防止其發展為難以治愈的慢性尿道炎，西藥快速治標，中藥徹底治本，在臨床上取得很好的臨床效果。患者和醫護人員都認同中西藥結合治療的方式，取之所長，補之所短。患者若有尿路刺激征，經常規抗菌治療無效，且除外有復雜因素存在時，應考慮為支原體、衣原體或病毒感染，可首先使用四環素治療。對四環素若有耐藥性，則可改用紅霉素、甲基紅霉素或羅紅霉素等。以上藥物對支原體、衣原體有效。若經上述治療仍無效，則可能為急性尿道綜合征。