巧克力囊腫是屬于子宮內膜異位癥中的一種。如果子宮內膜附著在卵巢上就會形成巧克力囊腫。這種情況下，一般都是需要進行手術進行治療，因為這種情況下是比較嚴重。

1、如果應用宮腔鏡治療巧克力囊腫，效果不是非常好，而且還會造成復發。到底要是因為囊腫和卵巢以及周圍的組織是緊密粘連，如果在進行手術時，可能會將一側的卵巢一起切除。

2、巧克力囊腫的囊壁是一些纖維組織包裹形成，而且厚薄不均勻，質地比較硬，而且還很脆弱，如果進行手術，囊腫很容易破裂，而且在進行腹腔鏡手術時不能夠將囊腫完全取出，這時囊液就容易流入到腹腔，造成復發的現象。

3、如果這時再進行手術難度就非常大，而且復發率也是比較高。通常在治療巧克力囊腫時，是要避免將囊腫弄破，通常會在超聲的引導下用細針穿刺，抽取囊腫中的囊液，然后注入雙重硬化的藥物。

4、用這種方法進行治療，可以使囊內的異位內膜組織一起殺滅，這樣囊液就不會外流，也不會造成復發，同時也不會損傷到卵巢，并且對以后的生育也沒有影響。