新生兒巨細胞包涵體病感染有兩個途徑，其傳染源共同點都是來自媽媽，可分為先天性和后天性，先天性就是通過胎盤將此病毒傳給胎兒，而另外一種后天性就是通過產道或母乳感染。無論是先天感染還是后天感染其危害性同樣嚴重。

新生兒感染巨細胞包涵體病10%～12%出生時有癥狀，表現為巨細胞病毒，具體癥狀包括：高膽紅素血癥、肝炎、肝脾腫大、出血點、腦畸形（常見的是腦室周圍鈣化）、脈絡膜視網膜炎。

有癥狀的患兒當中，40%～58%有遠期后遺癥，最常見的感音神經性耳聾，占10%～15%。出生時沒有癥狀的新生兒，約13.5%有后遺癥，主要是感音神經性耳聾以及認知和神經損害癥狀。

確診新生兒患巨細胞包涵體病使用抗病毒藥物治療可能會減少新生兒的損害，但同時出會存在一些副作用可能會引起白細胞計數減少，血小板減少、肝功能異常、脈絡膜視網膜炎、細菌感染等。