事后避孕藥由于是作為事后補救用藥，主要原理是采用大劑量的藥物來干擾卵巢的功能，抑制排卵，改變子宮內膜環境、改變宮頸粘液的性狀、阻止精子穿透、抗著床等機制而達到避孕的目的，相對來說其副作用是蠻高的。

副作用主要表現為：

1、惡心：服用緊急避孕藥后，惡心的癥狀一般持續不超過24小時。

2、嘔吐：與食物同時服用或睡覺前服藥可以減少惡心、嘔吐的發生率。如果在口服緊急避孕藥后1小時內嘔吐，應該盡快補服1次。

3、不規則子宮出血：有些女性用藥后會有點滴出血，一般無須處理，但要讓用藥者了解此種情況，做好用藥前后的咨詢、宣教。

4、月經改變：多數婦女月經會按時來潮，也有一部分婦女月經提前或延遲。如果月經延遲一周，應該做尿妊娠試驗，以明確是否是緊急避孕失敗。

5、排卵期改變：服用緊急避孕藥，會影響月經周期，女性在此之后盡量使用效率高的避孕方法，而不要再冒險使用緊急避孕藥或安全期、體外射精等不科學的避孕方法，嚴重的會導致不育。

6、其他：乳房脹痛、頭痛、頭暈、乏力等，這些癥狀一般較輕微，持續時間不超過24小時。乳房脹痛、頭痛嚴重者可用阿斯匹林或其他止痛藥對癥處理。