小兒的內在因素對睡眠也有影響：大腦神經發育尚未成熟。孩子生理上尚未建立固定的作息時間表。寶寶生物時鐘日夜規律的調整，要倚賴寶寶生理成熟度的配合。  

調查表明，神經系統興奮性較高的寶寶，生理成熟度往往晚些，容易出現睡眠不安的情況。這種寶寶相對睡眠好的寶寶，性格可能更趨向活躍、外向、敏感。

人的睡眠分為深度睡眠和淺度睡眠，夜間約3-4小時交替一次。嬰兒和幼兒同樣，可能深睡和淺睡的交替時間更短一些，約2-3小時交換一次。大人和許多睡整夜覺的寶寶，在淺度睡眠到來時，可以較好地自我調整，重新進入深度睡眠。而也有許多小寶寶甚至許多大人，無法自我調整入睡，所以就從淺度睡眠中醒來。  

許多正在吃母乳的寶寶，無法自我調整，心理渴望愛撫，媽媽的乳房無疑是她最大的安慰。當然，有時抱睡、邊走邊搖等也會有效。尤其隨著神經系統的發育和大腦皮層活躍，寶寶越長大越容易無法自我調整。這就是寶寶在四、五個月之后反而睡覺比小時候還要差、醒的次數還要多的原因。 

排除掉渴餓冷熱缺鈣腹脹出牙興奮等等外在因素之后，你的睡不好覺的寶寶，也許只是因為大腦皮層活躍，無法自我調整進入深睡狀態。在斷奶之后，或隨著寶寶的成長，這些現象總歸會解決的。