宮外孕最常見的原因是輸卵管或輸卵管周圍的炎癥，輸卵管黏膜炎嚴重的甚至能導致官腔完全堵塞從而不孕，而輕微的輸卵管炎癥則使黏膜粘連、纖毛缺損，妨礙受精卵的運行，使之在輸卵管內著床發育。

除此之外，宮外孕的病因還有輸卵管絕育手術后形成的輸卵管再通或瘺管；輸卵管發育不良或功能異常，比如輸卵管過長，肌層發育差等，雌孕激素的分泌失常甚至一些精神因素也會導致輸卵管痙攣和蠕動異常，影響受精卵的運送；受精卵游走；人工授精或促排卵藥物的應用，等等。