流腦疫苗接種后雖能預防疾病，但這也并不說明它就沒有一些不良反應。

接種本疫苗后，反應輕微，一般無嚴重的局部反應和全身反應。個別兒童接種后，局部出現紅暈、輕微疼痛1—2天；全身反應有低熱，1%—4%的受種者可出現超過38.5℃的發熱；偶有過敏反應。大多數接種者在接種后10—24小時出現，一般1—2天自行恢復，必要時可對癥治療。