食用葵花籽油的副作用之一就是可能會引起心肌病變。假如給動物大量攝入葵花籽油，會使它們的動作遲緩，并造成發育不良的現象。

除此之外，葵花籽油中含有某種物質具有抑制睪丸成分，如果男性食用太多，可能會引發睪丸萎縮，從而造成不育。所以建議青壯年男性不宜多食葵花籽油。