雖說苦蕎麥茶功效與作用很多，但是不代表其沒有任何的副作用，在食用的時候也是有很多事項需要注意的。

1、苦蕎麥茶可以輔助調節胃酸過多癥狀，但苦蕎偏寒性，所以胃寒或者有胃病的人群過多食用，會造成反酸腹瀉的現象，因此，脾胃虛寒、消化功能不佳、經常腹瀉的人、體質敏感之人不宜食用。

2、少部分人群食用苦蕎麥茶后會引起皮膚搔癢、頭暈、哮喘等過敏癥狀，所以黑苦蕎過敏史者謹慎食用。

3、苦蕎麥茶含蘆丁，可能有降血壓、降血糖、降血脂作用，低血壓、低血糖及嚴重體型瘦弱病人請謹慎食用。

苦蕎麥茶有顯著的健胃消食功效，所以應在飯后飲用。如果飲用者處于饑餓狀態，腹中已經沒有食物的時候再大量喝苦蕎茶的話，肯定會加重饑餓感，特別是低血糖人士，此時會出現血糖下降的不適癥狀，因此需要特別注意。