先天性無子宮：副中腎管中段及尾部未發育所致。
內分泌異常
甲低：促甲狀腺素TSH>10μIU/ml，靈敏促甲狀腺素STSH>4.0μIU/ml游離T３或游離T4低。青春期甲低，使患者代謝緩慢，性腺軸成熟減慢，月經來潮延晚。早期甲低可合并性腺發育不全，預后不良。
高催乳激素血癥：催乳激素PRL>30-40ng/ml，可伴有溢乳，有垂體巨腺瘤或微腺瘤或空蝶鞍癥，或垂體分泌催乳激素細胞增生所至。PRL高使GnRH及FSH受抑制引起低雌激素而閉經，青春期發病則原發閉經。
詳解閉經 女性?；嫉脑陆洸?下)
其他
炎癥：幼年腦膜炎，腦炎后遺癥，使下丘腦分泌受影響?；蚪Y核性腹膜炎盆器炎，引起子宮內膜結核，子宮內膜瘢痕，引起子宮性原發閉經。
損傷：幼年惡性卵巢瘤手術切除子宮及雙附件，尤其生殖細胞瘤，預后較好，可以存活，但為無子宮無卵巢的原發閉經。放射性治療引起垂體及卵巢的損傷。
營養性：營養極差可引起閉經，發育差所致。
